1. 補償實現途徑和方式
在國家重點監督區中，主要補償流是破壞者對監督區的補償，補償目的是恢復或者改善原地表地貌，根據「誰破壞，誰治理」的原則，下面提出了具體的補償途徑和方式。
一、破壞者
這類補償主要採用對造成水土流失的行為主體徵收費用形式。各類開發建設項目和資源開發利用者，根據其對自然資源的開采和造成水土流失的程度徵收水土流失補償費，內化其外部成本，抑制其破壞程度，降低生產建設活動對自然資源的過度干擾和破壞。同時把徵收來的資金用於水土保持和水土流失綜合防治以及區域內生態建設，實現水土資源的可持續利用和生態環境的可持續維護。
世界上許多國家早在20世紀50年代就己經相繼開展徵收水土保持生態補償費和其他環境補償費，並在法律上予以保障。我國29省（市、區）從20世紀90年代開始相繼開征了水土保持生態補償費（有些地方叫水土流失補償費）。水土保持生態補償費是指水土保持行政主管部門對開發利用自然資源的生產者和消費者，因生產建設活動擾動和破壞地貌植被，而使原有水土保持功能降低或者喪失直接徵收的，用於保護、恢復開發利用過程中造成的自然生態環境破壞的費用。徵收水土保持生態補償費，其實質是要求從事資源開發利用活動而使地表水土保持功能降低的生產者和消費者為其行為後果承擔責任。它既不同於環境保護部門徵收的排污費，也有別於其他資源管理部門徵收的各種資源費（稅）。
在資源富集地區如煤礦區、有色金屬礦區等，當地的主導產業大多為礦產資源開發，並成為該地區的主要經濟來源，但在長期開采礦產資源的同時，也帶來了一系列的資源、環境問題，如大量疏干水的抽排導致地下水位下降、土壤干化、植被枯萎、土地沙化和退化，采礦區出現地面塌陷、裂縫危及群眾生產、生活，大量棄土、棄渣尾礦占壓土地、污染地表和地下水，地表植被遭破壞、泥沙淤積河道水庫、風蝕惡化環境等，但由於沒有開發建設項目佔用水土資源和降低水土保持功能的補償機制，一些企業不計生態環境破壞和修復的成本，造成只利用不保護、只開發不治理、只得益不補償的情況。特別是在資源開發市場開放後，開采企業和個人大量增加，掠奪開發現象更加嚴重，出現了大量的「資源開發了，企業受益了，環境破壞了，群眾受害了」的現象。
為了使礦產開發與生態保護協調，實現企業和地方的可持續發展，經國務院同意，1988年國家計劃委員會、水利部制定了《開發建設晉陝蒙接壤地區水土保持規定》，陝西、山西、內蒙古3省區從煤炭銷售收入中按O.5～1元/t收取水土保持生態補償費，用於礦區水土流失治理和生態環境恢復，收到了良好效果。神華集團從噸煤生產成本中提取0.45元用於水土保持，截至2006年，已累計投入1.1億元，開展礦區水土保持，先後完成了馬家塔露天礦復墾區建設、「兩山一灣」常綠林建設、巴圖塔沙柳林基地建設等6個重點系統工程建設，共治理水土流失面積134km2，植被覆蓋率由開發初期的3%～11%提高到現在的48%～63%。另外，重慶等地也都開展了礦產開發水土保持生態補償實踐，積累了大量經驗，取得了成效。
對礦產資源項目按單位產品徵收或按銷售收入提取一定比例的資金用於水土保持，已有法律、法規和政策的支持，也經過了10多年實踐的檢驗，應在礦產資源開發區域進一步推廣，特別是在煤炭、有色金屬礦等礦產開發行業要首先推廣。以2005年全國生產原煤21億t計算，如果按噸煤1元標准提取，全國1年即可籌集礦區水土保持資金21億元；2000年全國10種有色金屬產量1635萬t，實現銷售收入8784億元，按銷售收入的1%提取水土保持生態補償資金，可籌集87.8億元；2005年全國生產天然原油1.8084億t，石油及天然氣開采業實現利潤2927.42億元，按利潤的1%提取水土保持生態補償資金，年可籌集29.3億元；2005年全國黃金產量達到224.05t，實現利潤40.36億元，按1%提取可籌集補償資金4036萬元。從主要礦產資源的分析看，通過建立補償機制，可大大增加防治水土流失的資金，恢復礦區生態環境。
水土保持生態補償費按照「從哪兒來到哪兒去」的原則使用，主要用於資源開發地區的水土保持和生態恢復。
二、生態受益區政府
從受益區財政收入中提取一定比例，補償監督區上游用於水土流失防治和生態建設。如京津唐地區，位於密雲和官廳水庫上游的張家口市、承德市的水土流失及生態環境狀況直接影響著北京的供水安全。河北省在生態屏障和環境方面對首都北京具有特別重要的意義，尤其在水資源方面，具有獨占性，擔負著為京津保水源、阻沙源的重任。荒漠沙丘已經從張家口北部擴展到距北京市中心約70km的懷來縣，近幾年因降雨不多，密雲和官廳水庫每年的來水量也大大減少。為京津提供水源的河北省張家口地區的14個縣中，有10個屬於國家級貧困縣，有85萬農民至今沒有脫貧，為了盡快擺脫貧困，當地往往會引進一些消耗資源、產生環境影響的工業項目，出現過度開墾開發和草原過度放牧等。這些生產、生活方式，都勢必會對水資源、生態環境造成不利影響。根據首都水資源保護項目規劃，上游的河北、山西、內蒙古需要進行產業調整，關停破壞環境、有重大污染的企業，控制和限制依賴土地的生產項目，保護自然植被。這就在一定程度上限制和制約了當地的經濟發展，為了國家和區域的大局，上游做出了犧牲，下游的京津唐地區則對其損失給予合理的經濟補償，按造成的經濟損失或提供的資源、環境價值，給予補償。受益地區也要按受益大小，分攤補償費用。通過上游對下游的經濟補償，支持上游發展既適合於當地、又不對下游造成危害的產業，實施水土保持、涵養水源、灌區節水改造，不斷改善上游水質，增加水量，為下游提供優質水源，實現上下游的協調發展。